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Genau wie in der Super League wurde auch in der Challenge League im Rahmen der "Swiss Golden Player Awards" eine Top-Elf der Saison gekürt. Genis Montolio ist der einzige Vertreter des bereits als Aufsteiger in die Super League feststehende FC Thun Berner Oberland. Gleich drei Spieler in der Golden 11 tragen im Ligaalltag das Trikot des FC Aarau. Nikola Gjorgjev, Mittelfeldspieler des Tabellenzweiten, räumte dann auch noch eine weitere Auszeichnung ab. Er ist zum Golden Player der dieci Challenge League 2024/25 gewählt worden und somit Spieler der Saison. In 33 Einsätzen glänzte er bislang mit 18 Torbeteiligungen.
Die Awardgala der Swiss Association of Football Players wird unabhängig von der Swiss Football League durchgeführt. Es stimmen jeweils nach einer Vorauswahl die Spieler der jeweiligen Liga über die Sieger ab.
Tor: Marvin Hübel (FC Aarau)
Verteidigung: Michael Heule (FC Stade-Lausanne-Ouchy), Genis Montolio (FC Thun Berner Oberland), Vincent Rüfli (Étoile Carouge FC)
Mittelfeld: Bruno Caslei (Étoile Carouge FC), Valon Fazliu (FC Aarau), Nikola Gjorgjev (FC Aarau), Nico Maier (FC Wil 1900)
Sturm: Fabrizio Cavegn (FC Vaduz), Oscar Correia (Étoile Carouge FC), Elias Pasche (FC Stade Nyonnais)